Selon le baromètre annuel sur l’absentéisme réalisé par Malakoff Humanis, 38 % des salariés se sont retrouvés en arrêt maladie sur l’année 2021. Lors de ces absences, les employés peuvent percevoir leur paie et vous, bénéficier de la subrogation de salaire.
En cas de maladie, accident du travail, accident professionnel ou congé maladie, maladie professionnelle ou congé maternité, l’employeur est dans l’obligation de maintenir tout ou partie du salaire du collaborateur concerné.
Mais qu’est-ce que la subrogation de salaire et comment cela fonctionne ? Est-ce obligatoire ? Quand et comment s’applique-t-elle ? Quels documents sont nécessaires et quelles sont les démarches à accomplir ? Explications.
La subrogation de salaire
Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail ou en congé maladie, la subrogation de salaire permet à l’entreprise de percevoir les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) à sa place.
Cette notion de subrogation correspond à un mécanisme juridique prévu par le Code de la Sécurité Sociale qui permet à l’employeur de se substituer au salarié pour percevoir directement les IJSS. Le dispositif s’applique dans le cadre du maintien de salaire, qu’il soit total ou partiel.
La société peut donc en bénéficier si la rémunération de l’employé est maintenue totalement ou partiellement. En temps normal, les IJSS sont versées au salarié mais dans cette situation, vous pouvez demander à les percevoir vous-même.
Cette opération offre à l’employeur la possibilité de verser en une seule fois le salaire maintenu avec les IJ auxquelles l’employé a droit. Vous pourrez ensuite vous faire rembourser par la CPAM le montant correspondant à ces indemnités.
Il est important de comprendre que l’employeur maintient le salaire pendant la durée prévue par le contrat de travail ou la convention collective, tandis que la Sécurité Sociale verse les IJSS directement à l’employeur subrogé.
Est-ce que la subrogation est obligatoire ?
Non, la subrogation de salaire n’est pas obligatoire. Dans certains cas, il arrive que le collaborateur profite du maintien de salaire et perçoit en parallèle les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale.
Dans une telle situation, le montant de l’indemnité complémentaire est calculé après déduction des IJSS perçues.
Attention : certains employeurs ne pratiquent pas systématiquement la subrogation, ce qui peut engendrer un cumul du salaire et des indemnités non conforme. Il est donc recommandé d’établir une procédure claire pour éviter ces situations.
Quand s’applique la subrogation de salaire ?
Les conditions d’application de la subrogation sont strictement encadrées par le Code du travail et le Code de la Sécurité Sociale. Le salarié doit avoir :
1 an d’ancienneté au premier jour de l’arrêt de travail, être pris en charge par la Sécurité sociale avec soins en France ou dans l’un des États de l’Union européenne et il doit également faire parvenir un certificat médical d’arrêt de travail sous 48 heures.
Pour que la subrogation de salaire soit effective, certaines conditions doivent être remplies selon le Code de la Sécurité Sociale (article R. 323-11) :
- Le salarié en arrêt de travail doit continuer à être payé par son employeur, totalement ou partiellement, et il doit être indemnisé par la Sécurité sociale ;
- Le maintien de salaire doit être au moins égal au montant des indemnités journalières de Sécurité sociale perçues par le salarié durant l’arrêt.
La mise en place de la subrogation nécessite une attention particulière aux délais et aux règles applicables selon le motif d’arrêt. En effet, le délai de carence peut varier selon qu’il s’agisse d’un arrêt pour maladie, accident du travail ou congé maternité.
Si pour une raison ou une autre, l’une de ces deux conditions ne peut être assumée, l’accord du salarié est nécessaire pour mettre en place la subrogation de salaire. Aussi, si les IJSS sont supérieures au salaire maintenu, la différence devra être reversée à l’employé.
Une jurisprudence récente de mai 2025 a précisé que la période de référence pour calculer le maintien de salaire doit être étendue à 12 mois (et non limitée aux 3 derniers mois) si ceux-ci ne sont pas significatifs, notamment en cas de rémunération variable.
Comment ça fonctionne ?
Pour que votre entreprise puisse appliquer la subrogation de salaire, il y a quelques étapes et principes à respecter.
La demande de subrogation à l’Assurance Maladie
En tant qu’employeur, il est de votre responsabilité de faire la demande de subrogation de salaire. Pour cela il faut vous adresser à l’Assurance Maladie lors du signalement de l’arrêt de travail d’un collaborateur.
La demande de subrogation se fait donc via la Déclaration Sociale Nominative (DSN). Il suffit de compléter l’encadré « Subrogation »ou « Demande de subrogation en cas de maintien de salaire » en indiquant les informations nécessaires.
Cette démarche administrative doit être effectuée dès le début de l’arrêt de travail. Le formulaire de demande de subrogation fait partie intégrante du dossier de gestion de l’absence et constitue un document essentiel pour obtenir le remboursement des IJSS.
Les dates de subrogation
C’est une étape essentielle au bon remplissage d’une demande de subrogation de salaires. En effet, il est primordial d’indiquer les dates de l’arrêt de travail et la date de fin de l’obligation de maintien de salaire.
La date de début de la subrogation correspond généralement au premier jour d’indemnisation par la Sécurité Sociale, après application du délai de carence. Il convient de bien distinguer la date de début de l’arrêt de travail de la date de début de la subrogation.
Les dates de subrogation concernant les IJSS perçues sont définies par rapport aux dates de maintien total ou partiel de salaire, en fonction des dispositions légales et/ou de la convention collective de l’entreprise.
Une fois la période de maintien de salaire terminée, les indemnités journalières sont directement payées à l’employé et la subrogation disparaît.
En cas de prolongation d’arrêt, la subrogation continue automatiquement tant que le maintien de salaire légal ou conventionnel est appliqué. Cela implique une formalisation à chaque étape pour éviter les ruptures.
Le versement des indemnités journalières
Si tout est en ordre, la Sécurité Sociale devra vous verser les IJSS correspondantes. Les indemnités journalières dues à votre salarié vous seront directement adressées par sa caisse primaire d’assurance maladie. Elles sont versées tous les 14 jours en moyenne, sans que vous ayez à réaliser toute autre formalité.
L’employeur verse ainsi le salaire maintenu en totalité au salarié, puis se fait rembourser par la Sécurité Sociale via la subrogation des IJSS.
Le décompte IJSS
Vous pourrez facilement vérifier l’exactitude du montant et le bon versement des indemnités journalières grâce au décompte IJSS. En cas d’erreur ou d’absence de paiement, votre service paie devrait se rapprocher de la CPAM du salarié. Afin de se décharger de ces tâches administratives, certains employeurs préfèrent ne pas mettre en place la subrogation de salaire.
Ce document récapitulatif permet de faire le lien entre le salaire maintenu au cours de l’arrêt et les IJSS perçues, facilitant ainsi la gestion comptable de l’opération
Comment gérer la subrogation de salaire en paie ?
L’absentéisme en entreprise peut parfois avoir des conséquences dramatiques pour une entreprise. La subrogation de salaire vous permet de percevoir les IJSS de vos salariés et facilite les versements de maintien de salaire.
Le traitement en paie de la subrogation nécessite une attention particulière pour distinguer le salaire brut du salaire net et appliquer correctement la garantie du net.
Ces indemnités doivent absolument être saisies en paie puisqu’il faut déduire le montant brut de l’indemnité complémentaire versée par l’employeur et ainsi reverser au salarié le montant net des IJSS, en même temps que son salaire maintenu.
Les IJSS sont soumises à la CSG et à la CRDS mais pas aux cotisations sociales classiques, contrairement au salaire. Cette différence de traitement social nécessite un calcul précis pour maintenir le revenu net du salarié.
Sur le bulletin de paie, ces opérations doivent clairement apparaître. En cas de maintien de salaire, il faudra calculer la différence de cotisations entre les IJSS et le salaire, afin d’appliquer ce qu’on appelle la garantie ou l’ajustement du net,en raison de taux de cotisation différents.
Cette garantie du net permet d’assurer au salarié qu’il percevra le même montant net que s’il avait travaillé, malgré les différences de prélèvement à la source entre salaire et indemnités journalières.
Si l’employeur pratique la subrogation, les indemnités journalières devront aussi être indiquées sur le bulletin de salaire. Notons également que le salaire maintenu ne peut pas être inférieur aux indemnités journalières et ce, même si le collaborateur est à temps partiel.
Cette règle de protection du salarié s’applique dans le cadre légal du maintien de salaire et constitue un plancher minimal à respecter.
Pour gérer les éléments variables de paie, il est souvent préconisé de doter vos services d’un logiciel SIRH de qualité.
Quels documents sont nécessaires pour la subrogation ?
La mise en place de la subrogation nécessite la constitution d’un dossier complet comprenant plusieurs documents essentiels :
- L’attestation de salaire : document fondamental qui renseigne la Sécurité Sociale sur la rémunération du salarié ;
- Le certificat médical : justifie le motif et la durée de l’arrêt de travail ;
- Le contrat de travail : précise les conditions de maintien de salaire ;
- La déclaration de subrogation : formalise la demande auprès de la CPAM ;
- Le bulletin de salaire : permet de vérifier la cohérence des calculs.
Ces documents constituent le volet administratif indispensable pour obtenir et justifier la subrogation des indemnités journalières.
Quelle est la différence entre subrogation et maintien de salaire ?
Il est important de bien distinguer ces deux notions souvent confondues :
- le maintien de salaire correspond à l’obligation pour l’employeur de continuer à verser tout ou partie du salaire pendant l’arrêt de travail, selon les dispositions légales ou conventionnelles ;
- La subrogation est le mécanisme qui permet à l’employeur de percevoir directement les IJSS à la place du salarié, lorsqu’il maintient effectivement le salaire.
La subrogation constitue donc un dispositif de simplification administrative : au lieu que le salarié perçoive séparément son complément de salaire (de l’employeur) et ses IJSS (de la Sécurité Sociale), l’employeur maintient le salaire en totalité et récupère les IJSS par subrogation.
Cette différence est fondamentale : on peut avoir maintien de salaire sans subrogation, mais pas de subrogation sans maintien de salaire.
Quels avantages avec la subrogation de salaire ?
La subrogation de salaire présente quelques avantages au profit du salarié mais également du vôtre. Dans un premier temps, la subrogation évite les écarts de paiement entre les indemnités journalières et le complément de salaire. Ils ne se sentent donc pas pénalisés puisqu’ils profitent d’une continuité de paiement et d’un paiement en une seule fois.
Pour le salarié, cette simplification administrative permet de continuer à percevoir son salaire habituel, sans avoir à gérer séparément les versements de la Sécurité Sociale. L’employeur maintient la relation de confiance en assurant cette continuité.
Ensuite, la subrogation évite les erreurs de calcul. Elle assure une exactitude grâce aux données fournies par l’Assurance Maladie. Et si une erreur existe, elle est facilement rectifiable grâce au décompte IJSS.
Du point de vue de l’employeur, la subrogation permet une meilleure maîtrise des flux financiers et une gestion comptable simplifiée. L’entreprise n’avance plus l’intégralité du maintien de salaire sur ses fonds propres.
Enfin, elle simplifie largement votre gestion comptable. Une fois les indemnités perçues, il vous suffit de verser le salaire du collaborateur directement. Et avec les nombreux outils permettant d’automatiser les tâches RH, tout est encore plus simple.
Cette procédure permet également de respecter plus facilement les obligations légales et d’éviter les contentieux liés aux erreurs de calcul ou aux retards de paiement.
Cas particuliers et évolutions récentes
Certaines situations nécessitent une attention particulière dans la mise en place de la subrogation :
- Congé maternité : le régime de subrogation s’applique également, mais avec des spécificités liées à la durée et aux montants des indemnités ;
- Maladie professionnelle : les modalités peuvent différer selon la reconnaissance ou non du caractère professionnel ;
- Temps partiel : le calcul du maintien et de la subrogation doit tenir compte du temps de travail réduit.
Les évolutions réglementaires de 2025 ont également apporté des précisions importantes :
- extension de la période de référence pour le calcul de la rémunération variable ;
- Clarifications sur la gestion des congés payés en cas d’arrêt maladie ;
- renforcement des obligations de formalisation pour éviter les litiges.
Ces évolutions témoignent d’une volonté de mieux protéger les salariés tout en clarifiant les obligations des employeurs dans le cadre de la subrogation.
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