Tout salarié en arrêt maladie (lorsque votre état de santé ne vous permet pas de travailler sur ordre du médecin) bénéficie d’indemnités journalières de la sécurité sociale. En parallèle de ce versement, un complément de salaire peut être pris en charge par l’employeur sous certaines conditions.
Qui a droit au complément de salaire en arrêt maladie, et comment est-il calculé et versé ? Voici ce qu’il faut savoir.
Table des matières
- Qu’est-ce que le complément de salaire en arrêt maladie?
- Qui peut bénéficier du complément de salaire en arrêt maladie?
- Comment calculer le complément de salaire en arrêt maladie?
- Comment fonctionne le versement du complément de salaire?
- Simplifiez la gestion des arrêts maladie avec Factorial
- Questions fréquentes : arrêt maladie
Qu’est-ce que le complément de salaire en arrêt maladie ?
Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, il peut percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS). Ces indemnités sont versées par la Sécurité sociale après un délai de carence de 3 jours et couvrent 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers mois de salaire brut divisés par 91,25. Depuis le 1er avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel (décret n° 2025-160 du 20 février 2025), contre 1,8 SMIC auparavant, ce qui porte l’IJSS maximale à 42,97 € brut par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026, selon l’Assurance Maladie.
En plus de ces IJSS, un salarié peut bénéficier d’un complément de salaire (aussi appelé maintien de salaire ou indémnité complémentaire patronale) versé par son employeur, sous certaines conditions. Ce dispositif a pour objectif de maintenir une partie du salaire du salarié en arrêt maladie et d’éviter une perte trop importante de revenu.
L’obligation de versement de ce complément repose sur l’ancienneté du salarié et d’autres critères définis par le Code du travail ou la convention collective applicable dans l’entreprise.
Qui peut bénéficier du complément de salaire en arrêt maladie ?
Selon le Code du travail, pour prétendre au complément de salaire versé par l’employeur, le salarié doit remplir les conditions suivantes :
- Avoir au moins un an d’ancienneté dans l’entreprise au premier jour de l’arrêt de travail.
- Avoir transmis son arrêt maladie à l’employeur dans un délai de 48 heures.
- Être éligible aux indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS).
- Recevoir des soins en France ou dans un État membre de l’Espace économique européen.
- Ne pas être travailleur à domicile, salarié saisonnier, intermittent ou temporaire.
💡Bon à savoir : le complément de salaire peut également être versé si l’arrêt maladie survient pendant la période d’essai, le préavis ou les congés payés du salarié.
Comment calculer le complément de salaire en arrêt maladie ?
Le montant du complément de salaire dépend de l’ancienneté du salarié, de la durée de l’arrêt, et des dispositions prévues par la convention collective applicable.
Voici un tableau récapitulatif :
| Durée d’ancienneté dans l’entreprise | Montant des indemnités (en fonction du salaire brut) | Durée maximum de versement des indemnités |
| De 1 à 5 ans | 30 jours à 90 % et 30 jours à 66,66 % | 60 jours |
| De 6 à 10 ans | 40 jours à 90 % et 40 jours à 66,66 % | 80 jours |
| De 11 à 15 ans | 50 jours à 90 % et 50 jours à 66,66 % | 100 jours |
| De 16 à 20 ans | 60 jours à 90 % et 60 jours à 66,66 % | 120 jours |
| De 21 à 25 ans | 30 jours à 70 % et 70 jours à 66,66 % | 140 jours |
| De 26 à 30 ans | 80 jours à 90 % et 80 jours à 66,66 % | 160 jours |
| 31 et plus… | 90 jours à 90 % et 90 jours à 66,66 % | 180 jours |
Exemple de calcul
Un salarié ayant 7 ans d’ancienneté perçoit un salaire brut de 3 000 € par mois et est en arrêt maladie pendant 1 mois.
- Les IJSS correspondent à 50 % du salaire brut, soit :
3 000 € x 50 % = 1 500 €. - L’employeur doit garantir 90 % du salaire brut, soit :
3 000 € x 90 % = 2 700 €. - Le complément de salaire à verser par l’employeur est donc :
2 700 € – 1 559€ (IJSS plafonnées)) = 1 541 €.
Si l’arrêt maladie se prolonge au-delà de 40 jours (pour un salarié ayant entre 6 et 10 ans d’ancienneté), l’employeur versera 66,66 % du salaire brut au lieu de 90 %. La durée exacte de chaque période dépend de l’ancienneté du salarié, conformément au barème légal présenté dans le tableau ci-dessus.
Comment fonctionne le versement du complément de salaire ?
Délai de carence pour le complément de salaire
| Maladie non professionnelle | Maladie professionnelle/Accident du travail |
| 7 jours | 0 jours |
Le versement des indemnités complémentaires commence donc au 8ᵉ jour de l’arrêt maladie, sauf dispositions conventionnelles.
Exemple : pour une maladie non professionnelle, si l’arrêt de travail est pris en date du 1ᵉʳ janvier, le complément de salaire sera versé à partir du 8 janvier.
💡 À noter : le délai de carence employeur de 7 jours s’applique à chaque arrêt de travail pour maladie non professionnelle ou accident de trajet. Il est distinct du délai de carence de 3 jours appliqué par la Sécurité sociale pour le versement des IJSS. Certaines conventions collectives arrêt maladie suppriment ou réduisent ce délai employeur. Vérifiez toujours le texte applicable à votre secteur. Par ailleurs, depuis le 1er septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un arrêt initial de plus de 31 jours (prolongations possibles par tranches de 62 jours). Les droits au maintien de salaire restent inchangés. Chaque renouvellement doit être transmis à l’employeur sous 48 heures, selon le site officiel service-public.gouv.fr.
Modalités de versement
L’employeur a deux options pour verser le complément de salaire :
- Verser le complément de salaire et laisser la Sécurité sociale verser les indemnités journalières.
- Verser le complément de salaire et les indemnités journalières, et se faire rembourser les indemnités journalières par la Sécurité sociale, aussi appelé la subrogation de salaire.
Congés payés et arrêt maladie: ce qui a changé
Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, les salariés en arrêt pour maladie non professionnelle acquièrent 2 jours ouvrables de congés payés par mois d’absence, dans la limite de 24 jours par période de référence. Cette réforme, issue d’une mise en conformité avec le droit européen, s’applique rétroactivement aux arrêts survenus depuis le 1er décembre 2009. Les salariés en activité avaient jusqu’au 23 avril 2026 pour réclamer les droits acquis au titre de ces arrêts passés. Pour les arrêts en cours ou futurs, l’acquisition de congés payés est automatique, selon le ministère de l’Économie.
Quel impact sur la paie et les obligations RH ?
Gérer les arrêts maladie implique plusieurs obligations administratives pour l’employeur : transmettre une attestation de salaire à la CPAM via la DSN dans un délai de 5 jours suivant la prise de connaissance de l’arrêt, déclarer la reprise du travail, et organiser une visite médicale de reprise lorsque l’arrêt dépasse 60 jours pour une maladie non professionnelle ou 30 jours pour un accident du travail, selon le ministère de l’Économie. Le contexte est préoccupant : en 2026, le taux d’absentéisme au travail a atteint 4,8 % en 2025, en hausse de 5 % sur un an et de 50 % par rapport à la période pré-Covid, selon le baromètre 2025 de Malakoff Humanis cité par la CFDT. Pour les entreprises, les dépenses d’indemnités journalières maladie versées par l’Assurance Maladie ont atteint près de 11,4 milliards d’euros en 2024 pour le seul régime général, en progression de 6,7 % par an en moyenne entre 2019 et 2024, selon le Rapport d’évaluation des politiques de Sécurité sociale (REPSS Maladie 2025). La gestion manuelle de ces étapes est une source fréquente d’erreurs et de retards dans le versement des indemnités. Avec Factorial, le suivi des absences et la synchronisation avec la paie sont automatisés, ce qui permet aux équipes RH de respecter ces délais légaux sans risque d’oubli.
💡Simplifiez la gestion des arrêts maladie avec Factorial
Gérer les arrêts maladie et les absences peut être une tâche complexe pour les RH. Avec notre logiciel tout-en-un, la gestion des congés et absences est automatisée et synchronisée avec la paie. Factorial vous permet donc de suivre facilement les absences de vos collaborateurs et d’assurer un calcul précis des indemnités.
Questions fréquentes : arrêt maladie
Comment obtenir un complément de salaire en arrêt maladie ?
Pour obtenir un complément de salaire, vous devez avoir au moins un an d’ancienneté, transmettre votre arrêt de travail sous 48 heures et être éligible aux indemnités journalières de la Sécurité sociale. D’autres conditions peuvent s’appliquer selon votre statut et votre convention collective.
Quand l’employeur doit verser le complément de salaire ?
Le versement du complément de salaire par l’employeur débute après un délai de carence de 7 jours, soit à partir du 8ème jour de l’arrêt maladie. Des dispositions conventionnelles plus favorables peuvent toutefois réduire ou supprimer ce délai.
Comment est calculé le complément de salaire pendant un arrêt maladie ?
Le complément est un pourcentage du salaire brut qui varie selon l’ancienneté. Il garantit généralement 90 % de la rémunération pendant une première période, puis 66,66 %. Un logiciel de gestion d’entreprise tout-en-un comme Factorial automatise ce calcul complexe pour assurer une paie juste et conforme.
