La gestion des congés payés et des arrêts maladie a été profondément réformée en France. Suite à la loi du 22 avril 2024 et à plusieurs arrêts de la Cour de cassation, les règles d’acquisition et de report des congés en cas de maladie ne sont plus les mêmes. Désormais, les périodes d’arrêt maladie ouvrent droit à des congés payés et une personne salariée qui tombe malade pendant ses vacances peut les reporter. Ces changements majeurs obligent les entreprises à adapter leurs processus RH pour rester en conformité.
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Le revirement historique de la Cour de cassation
Ce qui était permis avant septembre 2025
Pendant des décennies, la position française était claire, peut-être même trop rigide. Un arrêt de la Cour de cassation datant du 4 décembre 1996 avait posé le principe : un salarié qui tombe malade au cours de ses congés payés ne peut pas exiger de reporter ces jours. L’employeur était considéré comme ayant rempli son obligation dès lors qu’il avait accordé les congés demandés. Peu importait que le salarié ait passé ses vacances cloué au lit avec une grippe ou hospitalisé.
Cette jurisprudence créait une situation paradoxale. Les congés étaient « consommés » alors même que leur finalité – permettre au salarié de se reposer et de profiter d’une période de détente – n’était pas remplie. Seule exception à cette règle stricte : les arrêts pour accident du travail ou maladie professionnelle permettaient un report, mais uniquement dans ces cas précis. Pour tous les autres arrêts maladie, même graves, le salarié perdait ses jours de congé.
L’arrêt du 10 septembre 2025 : un changement radical
Plusieurs arrêts de la Cour de cassation, notamment celui du 13 septembre 2023, ont marqué une rupture totale avec cette doctrine. La chambre sociale reconnaît désormais que le salarié placé en arrêt maladie durant ses congés payés peut demander le report des jours de congé qui coïncident avec sa période d’arrêt de travail. La Cour s’appuie sur une distinction fondamentale : les congés payés ont pour finalité de permettre au travailleur de se reposer et de disposer d’une période de détente et de loisirs, alors que l’arrêt maladie vise le rétablissement de la santé. Ces deux objectifs diffèrent profondément.
Concrètement, un salarié qui tombe malade le troisième jour de deux semaines de vacances pourra désormais récupérer les jours restants, à condition – et c’est essentiel – d’avoir notifié son arrêt de travail à l’employeur pendant la période concernée. Sans cette notification, pas de droit au report. Cette exigence permet aux entreprises de suivre les absences et d’éviter les demandes abusives ou tardives.
Ce revirement aligne enfin la France sur la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne, établie dès 2012 dans l’affaire Anged (C-78/11). Pendant treize ans, le droit français est resté en décalage avec les principes européens.
La pression européenne qui a tout fait basculer
Ce changement n’est pas tombé du ciel. Le 18 juin 2025, la Commission européenne a envoyé une lettre de mise en demeure à la France, première étape d’une procédure d’infraction. Le message était direct : la législation française ne garantit pas que les travailleurs malades pendant leur congé annuel puissent récupérer ces jours. Elle ne respecte donc pas la directive 2003/88/CE sur le temps de travail et ne protège pas suffisamment la santé des travailleurs.
La France disposait de deux mois pour répondre et corriger la situation. L’arrêt de septembre arrive donc à point nommé pour éviter une condamnation européenne. Cette mise en conformité s’inscrit dans un cadre plus large : depuis l’entrée en vigueur du traité de Lisbonne en 2009, la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne a une application directe. Et cette Charte stipule que tout travailleur doit bénéficier d’au moins quatre semaines de repos effectif.
L’acquisition des congés payés pendant l’arrêt maladie : les nouvelles règles
La loi du 22 avril 2024 modifie le Code du travail
Avant même le revirement de septembre, le législateur avait déjà commencé à bouger. La loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne a profondément remanié le chapitre du Code du travail consacré aux congés payés. Les articles L. 3141-1 à L. 3141-33 ont été modifiés pour mettre fin à une anomalie : les salariés en arrêt maladie n’acquéraient aucun droit à congé pendant leur absence, sauf en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle.
Cette situation créait une double peine pour les personnes confrontées à des maladies longues. Non seulement elles devaient gérer leur rétablissement, mais en plus elles perdaient progressivement leurs droits à congé. À la reprise du travail, certains salariés se retrouvaient avec un solde de congés quasi nul, rendant difficile toute récupération ou transition progressive.
La réforme assimile désormais les périodes d’arrêt maladie à du temps de travail effectif pour le calcul des congés payés. C’est un changement majeur qui touche potentiellement des centaines de milliers de salariés chaque année. Les entreprises doivent adapter leurs systèmes de paie et leurs processus RH pour intégrer ces nouvelles modalités de calcul.
Deux régimes d’acquisition selon l’origine de l’arrêt
Nombre de jours acquis en arrêt maladie non professionnel
Le législateur a établi une distinction selon la nature de l’arrêt de travail. Pour les arrêts liés à une maladie non professionnelle – les plus fréquents –, le salarié acquiert désormais 2 jours ouvrables de congés payés par mois d’absence. Mais attention, cette acquisition est plafonnée : elle ne peut dépasser 24 jours ouvrables par période de référence, soit l’équivalent de quatre semaines.
Ce plafond correspond exactement au minimum légal européen. Un salarié absent toute l’année pour maladie ordinaire pourra donc acquérir au maximum 24 jours, même si selon le calcul brut (2 jours × 12 mois) il pourrait prétendre à davantage. Cette limitation évite une accumulation excessive de congés et maintient un équilibre entre protection du salarié et contraintes organisationnelles de l’entreprise.
Arrêt lié à un accident du travail ou maladie professionnelle
Pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle, le régime est plus favorable. Le salarié conserve l’acquisition classique de 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif, et cette fois sans limitation dans le temps. La logique est simple : l’employeur porte une part de responsabilité dans ces situations, notamment par l’obligation de prévention. Il est donc normal que le salarié victime d’un accident du travail ne subisse aucune pénalité sur ses droits à congé.
L’articulation avec les indemnités : un casse-tête pour la paie
En cas d’acquisition de congés pendant un arrêt maladie, l’indemnité compensatrice de congés payés varie selon la méthode de calcul utilisée (règle du dixième ou maintien de salaire), et la rémunération de référence inclut généralement 80 % du salaire pour la durée indemnisée.
Un logiciel de paie et de gestion des congés comme Factorial peut automatiser ces calculs complexes. Il intègre les nouvelles règles d’acquisition, distingue les jours selon leur origine (maladie non pro, AT/MP, travail effectif) et assure que l’indemnité compensatrice de congés payés est toujours correcte, évitant ainsi les erreurs et les risques de litiges.
Comment reporter ses congés payés en cas d’arrêt maladie ?
La notification : une condition impérative
Le droit au report a désormais un cadre précis. Il suffit d’informer rapidement son employeur de l’arrêt maladie, généralement dans les 48 h. Si un arrêt intervient alors que des congés sont déjà en cours, seuls les jours de maladie sont reportés, les autres restent pris. Il est donc crucial pour l’entreprise d’adapter ses outils et compteurs RH pour distinguer les jours acquis par période de référence et ceux reportés.
Durée et modalités pratiques du report
La loi prévoit désormais un délai de report de 15 mois pour prendre les congés acquis qui n’ont pas pu être pris en raison d’un arrêt de travail. Ce délai commence à courir à la date à laquelle l’employeur informe le salarié de ses droits après sa reprise. Les conventions collectives peuvent toutefois prévoir un délai de report supérieur.
L’employeur doit informer le salarié de ses droits au report lors de sa reprise du travail. Cette obligation d’information, souvent négligée, est pourtant essentielle. Le salarié qui reprend après un arrêt maladie survenu pendant ses congés doit connaître précisément son solde de congés restants et les modalités pour les poser. Un document récapitulatif remis à la reprise permet d’éviter les malentendus et de planifier sereinement la prise des jours reportés.
Droits et responsabilités de chacun
Le report des congés crée des obligations réciproques entre employeur et salarié. L’employeur doit gérer rigoureusement les compteurs de congés, mettre à jour ses systèmes d’information et s’assurer que les managers sont formés à ces nouvelles règles. La tentation pourrait être grande, dans certaines structures, de « simplifier » en considérant que tous les congés posés sont définitivement pris. Ce serait une erreur qui exposerait l’entreprise à des contentieux.
Le salarié, de son côté, porte la responsabilité de la notification rapide et complète de son arrêt. Il doit aussi planifier la prise de ses jours reportés dans le délai imparti. Un salarié qui accumulerait des jours reportés sans jamais les poser prendrait le risque de les voir prescrits au-delà de la période de 15 mois. La jurisprudence européenne admet que des limites temporelles au report soient fixées, à condition qu’elles permettent réellement au salarié d’exercer son droit.
Les conséquences pratiques pour les entreprises
Repenser toute la gestion des absences et des congés
Le changement juridique de 2025 ne se limite pas à une simple mise à jour de procédure. Il impose aux entreprises de revoir complètement leur approche de la gestion des absences. Les services RH doivent désormais croiser deux types d’informations qui restaient jusqu’ici séparés : les périodes de congés payés posées et les arrêts maladie reçus. Cette connexion entre les deux systèmes n’était pas nécessaire auparavant.
Les logiciels de gestion des temps et des absences doivent être paramétrés pour détecter automatiquement les situations où un arrêt maladie chevauche une période de congés. Certains SIRH proposent déjà des modules adaptés, mais beaucoup d’entreprises travaillent encore avec des outils qui ne prévoient pas cette fonctionnalité. Le risque d’erreur manuelle augmente mécaniquement quand les volumes sont importants.
La formation des managers de proximité devient aussi un enjeu. Ce sont eux qui valident les demandes de congés, qui reçoivent parfois les premiers les informations sur les arrêts maladie de leurs équipes. Ils doivent comprendre les nouvelles règles pour expliquer aux salariés leurs droits et éviter de donner des informations erronées qui engageraient l’entreprise. Un manager qui affirmerait à un salarié qu’il a perdu ses congés malgré sa maladie créerait une situation juridiquement fragile.
Risques juridiques et contentieux potentiels
La loi du 22 avril 2024 est rétroactive au 1er décembre 2009. Selon la CCI, le personnel en poste au 24 avril 2024 a un délai de forclusion de deux ans, soit jusqu’au 23 avril 2026, pour réclamer les jours de congés correspondants. Pour le personnel ayant quitté l’entreprise, la prescription est de trois ans à compter de la rupture du contrat. Ce mécanisme de forclusion du 23 avril 2026 s’impose pour toutes les revendications rétroactives portant sur la période 2009-2024.
Impact organisationnel et financier à anticiper
L’allongement potentiel des absences cumulées pose des défis opérationnels. Un salarié qui tombe malade trois semaines pendant ses quatre semaines de congés d’été reviendra avec trois semaines à reporter. S’il prend ces trois semaines en septembre ou octobre, l’entreprise devra gérer six semaines d’absence consécutives pour un seul salarié, là où elle n’en prévoyait que quatre. La planification des effectifs devient plus complexe, surtout dans les petites structures où chaque absence pèse lourd.
Les coûts de gestion augmentent aussi. Les équipes RH doivent consacrer plus de temps au suivi individualisé des situations, à la vérification des notifications, au recalcul des soldes de congés. Dans les grandes entreprises qui comptent des milliers de salariés, même si seul un faible pourcentage est concerné chaque année, le volume de travail administratif supplémentaire reste significatif. Des audits internes seront nécessaires pour vérifier que les règles sont bien appliquées partout.
Sur le plan financier, l’impact n’est pas négligeable. Les provisions pour congés payés dans les comptes de l’entreprise doivent intégrer ces nouveaux droits acquis pendant les arrêts maladie et les jours potentiellement reportés. Les commissaires aux comptes scruteront ces postes avec attention lors de la clôture des exercices. Une mauvaise évaluation des provisions pourrait affecter la sincérité des comptes et poser des problèmes lors des audits.
Conclusion
Bien que la loi du 22 avril 2024 ait clarifié de nombreux points, des précisions jurisprudentielles continuent d’affiner l’application de ces règles, notamment sur le calcul du plafond de 24 jours. Chaque entreprise doit donc rester vigilante et s’assurer que ses pratiques sont conformes à la fois à la loi et aux dernières interprétations des juges.
Un outil comme Factorial permet de gérer ces évolutions complexes en automatisant le suivi des absences, en calculant les droits à congés selon les nouvelles règles, et en assurant une conformité permanente avec les dernières obligations légales. C’est la garantie d’une gestion RH sereine et sans erreur.
FAQ
Est-ce que je perds mes congés payés en arrêt maladie ?
Non, les congés payés ne sont pas perdus. Un salarié tombant malade avant ou pendant ses congés peut les reporter. De plus, depuis la loi du 22 avril 2024, les salariés acquièrent des droits à congés payés pendant un arrêt maladie, qu’il soit d’origine professionnelle ou non.
Quelle est la nouvelle loi pour les congés payés en arrêt maladie ?
La loi du 22 avril 2024 permet à un salarié en arrêt maladie d’acquérir des congés payés. L’acquisition est de 2 jours ouvrables par mois pour une maladie non professionnelle (plafonné à 24 jours par an) et de 2,5 jours par mois pour un accident du travail ou une maladie professionnelle.
Comment récupérer ses CP en arrêt maladie ?
Pour reporter des congés suite à un arrêt maladie survenu pendant vos vacances, vous devez notifier votre arrêt à l’employeur. À votre retour, l’employeur doit vous informer de vos droits et du solde de jours à prendre, généralement dans un délai de 15 mois. Un logiciel RH comme Factorial simplifie ce suivi.
