Un arrêt maladie de longue durée impacte profondément l’organisation du travail et soulève des questions clés pour les RH et les dirigeants : indemnisation, congés payés, maintien du lien, ou encore reprise. Comment s’adapter tout en respectant le cadre légal ? Dans cet article, nous faisons le point sur vos obligations, les bonnes pratiques à adopter et les outils pour simplifier la gestion de ces situations complexes.
Table des matières
Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?
Lorsqu’un salarié est confronté à un problème de santé grave ou chronique, un arrêt de travail prolongé peut s’imposer. Ce type d’arrêt a des conséquences importantes, tant pour le salarié que pour l’entreprise. En tant que manager, RH ou dirigeant, il est essentiel d’en comprendre les implications pour mieux anticiper les impacts sur l’organisation.
Définition et durée
Un arrêt maladie est considéré comme longue durée lorsqu’il dépasse plusieurs semaines, voire plusieurs mois. Il peut concerner des maladies graves, chroniques ou nécessitant un traitement prolongé. C’est le médecin traitant qui évalue la nécessité de cet arrêt et sa durée, renouvelable si besoin.
Il n’existe pas de durée maximale stricte pour l’arrêt lui-même, mais l’indemnisation par la Sécurité sociale est encadrée. L’arrêt peut durer plusieurs mois tant que la situation médicale le justifie.
Affection longue durée (ALD) vs maladie ordinaire
Dans certains cas, l’arrêt maladie s’inscrit dans le cadre d’une affection de longue durée (ALD). Ce statut, reconnu par l’Assurance Maladie, concerne des pathologies graves ou chroniques nécessitant un suivi médical lourd et prolongé (cancer, diabète, dépression sévère, etc.).
L’ALD permet au salarié de bénéficier d’une prise en charge à 100 % des soins liés à la maladie et d’un régime d’indemnisation plus souple. Pour les entreprises, il est important de bien identifier ce statut car il peut avoir un impact sur la durée de l’indemnisation et la gestion RH à mettre en place.
Quels droits pour les salarié·es ?
Un arrêt de longue durée modifie durablement la relation entre le salarié et l’entreprise. Pour les services RH et les managers, il est indispensable de connaître les droits associés à cette période, notamment en matière de rémunération et de congés payés. Une bonne compréhension de ces règles permet de sécuriser les processus tout en accompagnant le salarié avec bienveillance.
Salaire et indemnités pendant l’arrêt
Pendant l’arrêt, le salarié ne perçoit plus son salaire habituel, mais peut bénéficier d’indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, sous certaines conditions. Dans le cadre d’une affection longue durée (ALD), ces indemnités peuvent être versées jusqu’à 3 ans, sans limitation en nombre de jours.
En parallèle, certaines entreprises ou conventions collectives prévoient un maintien partiel ou total du salaire, souvent via un dispositif de prévoyance. Il est donc essentiel de bien vérifier les accords en place et d’assurer une communication claire avec le salarié concerné.
💡 Astuce RH : en cas de versement complémentaire par l’employeur, le mécanisme de subrogation permet de percevoir directement les IJSS. Cela facilite le suivi administratif et évite les doublons de versement.
Congés payés et arrêt maladie longue durée
L’un des sujets les plus sensibles en cas d’arrêt longue durée est la question des congés payés. En principe, les congés ne sont pas acquis pendant un arrêt maladie, sauf exceptions spécifiques (notamment liées au droit européen). Cela peut entraîner des situations complexes au moment du retour du salarié. Il est donc recommandé pour les RH de :
- Faire un point clair sur le compteur de congés à chaque prolongation d’arrêt ;
- Anticiper la reprise en ajustant le planning des congés restants ;
- Prévoir une gestion individualisée dans les cas de pathologies lourdes ou d’arrêt supérieur à un an.
Arrêt maladie longue durée et gestion RH
Un arrêt longue durée impacte bien plus que le planning : il soulève des enjeux d’organisation, de communication interne, de maintien du lien et de préparation au retour. Pour les entreprises, structurer cette gestion est essentiel afin de préserver l’équilibre des équipes tout en respectant les obligations légales.
Comment maintenir le lien avec le salarié absent
Un salarié en arrêt ne doit pas être oublié. Sans empiéter sur sa vie privée, maintenir un contact régulier permet de préserver le lien avec l’entreprise. Une prise de nouvelles ponctuelle, un point RH avant la reprise ou encore l’envoi d’informations internes peuvent faire la différence.
💡 Bonnes pratiques RH :
- Prévoir un interlocuteur dédié (RH ou manager) ;
- Rassurer sur la confidentialité des échanges ;
- Adapter la fréquence de contact à la situation médicale.
Organisation de l’équipe et remplacement temporaire
L’absence prolongée d’un collaborateur peut déséquilibrer une équipe, en particulier dans les fonctions clés. Il est donc important de repenser l’organisation temporaire : redéfinition des priorités, ajustement de la charge de travail, embauche d’un remplaçant ou renfort temporaire. Chez Factorial, nous recommandons d’anticiper dès les premières semaines d’absence :
- Identifier les tâches critiques à redistribuer ;
- Évaluer les impacts sur les projets en cours ;
- Prévoir un plan de formation ou d’accompagnement pour le remplaçant ;
- Utiliser un outil de gestion des plannings pour visualiser les ajustements en temps réel ;
- Communiquer clairement sur les ajustements à l’équipe.
Reprise du travail : aménagements, visite de reprise, reclassement
Le retour d’un salarié après une longue absence ne s’improvise pas. Une visite médicale de reprise est obligatoire pour les arrêts de plus de 60 jours. Cette étape permet d’évaluer l’aptitude du salarié à reprendre son poste ou d’envisager un aménagement ou un reclassement si nécessaire. C’est pourquoi, afin d’accompagner au mieux le salarié durant cette reprise, il est important de :
- Prévoir un entretien de retour avec les RH ;
- Mettre en place un plan d’adaptation progressif si besoin ;
- Impliquer la médecine du travail pour sécuriser le processus.
Licenciement après un arrêt longue durée : que dit la loi ?
Le retour au travail après un arrêt prolongé peut parfois soulever des difficultés. Dans certains cas, l’employeur peut envisager un licenciement. Toutefois, cette décision est strictement encadrée et doit reposer sur des critères objectifs. En tant que RH ou dirigeant, il est essentiel d’agir avec prudence pour éviter tout risque de litige.
Peut-on licencier un salarié en arrêt ?
Non, le simple fait d’être en arrêt maladie, même longue durée, ne justifie jamais un licenciement. Toute rupture du contrat dans ce contexte serait considérée comme discriminatoire et donc illégale. L’arrêt ne suspend pas les protections liées au contrat de travail, et le salarié conserve l’ensemble de ses droits.
En revanche, certaines situations exceptionnelles peuvent justifier un licenciement, à condition qu’il repose sur un motif réel et sérieux.
Cas de désorganisation avérée de l’entreprise
L’absence prolongée d’un salarié peut, dans certains cas, entraîner une désorganisation importante du service ou de l’entreprise. Si cette désorganisation :
- est objectivement démontrée (projets bloqués, surcharge des équipes, perte de compétences) ;
- nécessite un remplacement définitif du salarié.
… alors un licenciement pour motif non disciplinaire peut être envisagé.
⚠️ Toutefois, la jurisprudence est très stricte : la charge de la preuve incombe à l’employeur. Il est donc recommandé de documenter l’impact de l’absence de manière détaillée.
Prudence et bonnes pratiques pour les RH
Avant d’envisager une rupture de contrat, il est conseillé de :
- Évaluer toutes les possibilités de reclassement ou d’adaptation du poste ;
- Anticiper la visite de reprise avec la médecine du travail ;
- Échanger avec le salarié dans un cadre bienveillant et respectueux.
💡 Astuce RH : faire appel à un conseil juridique ou à un avocat spécialisé permet d’éviter les erreurs d’interprétation et de sécuriser vos décisions.
Simplifier la gestion des arrêts longue durée avec Factorial
Gérer un arrêt maladie longue durée ne se limite pas à suivre un calendrier d’absences. Pour les entreprises de plus de 50 salarié·es, cela implique coordination, conformité réglementaire et anticipation. Avec Factorial, vous centralisez l’ensemble des données RH pour gagner en efficacité et en sérénité.
Suivi des absences prolongées et intégration en paie
Grâce à un système automatisé, Factorial vous permet de :
- Suivre les arrêts longue durée dans un tableau de bord clair et à jour ;
- Générer des alertes en cas de prolongation, de retour prévu ou de visite de reprise ;
- Intégrer les absences dans la gestion de paie, y compris avec subrogation.
Cette automatisation réduit considérablement les erreurs, vous fait gagner du temps, et sécurise vos obligations légales.
Centralisation des échanges et préparation au retour
Factorial facilite aussi la communication entre le salarié en arrêt, les RH et les managers :
- Espace personnel pour déposer des justificatifs médicaux ;
- Historique des absences et échanges centralisés ;
- Préparation de la reprise avec possibilité de noter les aménagements nécessaires.
💡 En résumé : avec Factorial, vous professionnalisez la gestion des arrêts maladie longue durée tout en améliorant l’expérience collaborateur. Vous offrez un suivi humain, structuré et conforme aux attentes actuelles.
Conclusion
L’arrêt maladie longue durée soulève des enjeux humains, organisationnels et légaux majeurs. En tant qu’employeur, il est essentiel d’anticiper ses effets sur la paie, les congés et la gestion des équipes, tout en maintenant un lien respectueux avec le salarié concerné. En vous appuyant sur des outils RH comme Factorial, vous professionnalisez vos processus, réduisez les risques d’erreur et offrez un cadre plus serein à vos équipes.
FAQ – Arrêt maladie longue durée
Combien de temps peut durer un arrêt maladie longue durée ?
Il n’y a pas de durée maximale définie pour l’arrêt lui-même. En cas d’affection longue durée (ALD), les indemnités peuvent être versées pendant jusqu’à 3 ans.
Quelle est la durée maximale d’indemnisation ?
Pour une maladie ordinaire, l’indemnisation est limitée à 360 jours sur 3 ans. En cas d’ALD, les indemnités peuvent être versées pendant 3 ans consécutifs, sans plafond de jours.
Un salarié continue-t-il d’acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie ?
En principe, non. Toutefois, certaines situations ou décisions européennes récentes peuvent permettre l’acquisition de congés, selon les cas.
Peut-on licencier un salarié en arrêt longue durée ?
Uniquement si l’absence désorganise gravement l’entreprise et qu’un remplacement définitif est nécessaire. La procédure doit être rigoureusement encadrée.
Quel impact sur le salaire pendant un arrêt longue durée ?
Le salarié perçoit des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Un maintien de salaire partiel ou total peut être prévu via un contrat de prévoyance ou la subrogation.
Faut-il prévoir une visite médicale à la reprise ?
Oui, dès lors que l’arrêt a duré plus de 60 jours, une visite de reprise auprès de la médecine du travail est obligatoire.
